Της εξέτασης προηγείται καθαρισμός του εντέρου με καθαρτικά. Είναι σημαντικός ο σωστός καθαρισμός, γιατί αλλιώς η εξέταση είναι αναξιόπιστη και ίσως αδύνατη.
Το κολονοσκόπιο είναι ενας μακρύς ελαστικός σωλήνας, διαμέτρου ολίγων χιλιοστών, που φέρει κάμερα στην άκρη του. Εισέρχεται στον πρωκτό ακολουθώντας την αντίστροφη πορεία των κοπράνων. Γίνεται μεταφορά της εικόνας από το εσωτερικό του εντέρου σε ειδική οθόνη υψηλής ευκρίνειας και καταγραφή της.